Comment
faire une recherche documentaire en médecine générale?
La question est vaste et complexe, aucune réponse standardisée
n'est possible, tant les ressources du web sont immenses. Ce document
n'a donc rien d'une référence, il vous donnera une
seule réponse, non pas générale, mais particulière,
très particulière: vous saurez comment l'auteur
de ce document, faisait une recherche au mois de Juillet 2001.
Cela ne veut dire:
- ni
que le type de recherche proposé est le meilleur
- ni
que la recherche est exhaustive
- ni
que l'auteur de ce document ne fera pas différemment dans
quelques jours...
Disons simplement que je vous
invite à une promenade sur le web en ma compagnie, si vous
voulez bien l'accepter.
quelle est la nature de la recherche?
Un médecin généraliste,
comme son nom l'indique, a un champ d'intérêt immense,
non borné, en médecine. Les questions qu'il se
pose peuvent être de natures très variables. Ce
serait une erreur que de penser que la réponse est toujours
sur MEDLINE: la plupart du temps, une requête MEDLINE livre
un nombre de documents à la fois beaucoup trop élevé,
et beaucoup trop pointu, donc inadapté à nos besoins.
Nous avons souvent besoin d'informations déjà structurées,
déjà pensées par un autre médecin.
Il nous faut donc structurer les sites, et les interroger pour
ce qu'ils peuvent nous apporter.
Partons donc ensemble en ballade.
Monsieur H a 62 ans. Lors d'une radiographie suite à une
frature de Pouteau-Colles, vous êtes frappé par
la déminéralisation. Une pluie de questions envahit
votre cerveau:
- rappelez-moi quelques généralités
sur l'ostéoporose
- l'ostéoporose existe-t-elle
chez l'homme?
- peut-on conclure à
une ostéoporose sur une simple radiographie, ou faut-il
faire une ostéodensitométrie?
- comment interpréter
les résultats d'une ostéodensitométrie?
- quelles sont les causes de
l'ostéoporose chez l'homme?
- quel bilan étiologique
effectuer si l'ostéoporose est confirmée?
- quel traitement proposer?
- quelle information donner
au patient?
On voit bien, à la lumière
de ces questions, combien elles sont variées, et de niveau
scientifique distinct. Certaines sont des questions d'enseignement
médical général, comme "l'ostéoporose
existe-t-elle chez l'homme et à quoi est-elle due?"
dont on imagine que la réponse pourrait se trouver dans
un bon livre de rhumatologie, d'autres sont des questions de
médecine générale ("quel bilan étiologique
effectuer en débrouillage?"), d'autres enfin doivent
faire effectuer une recherche soigneuse car le domaine de recherche
est en constant remaniement ("quel traitement proposer?").
C'est pourquoi nous avons classé les dix démarches
de recherche que nous vous proposons sous deux chapeaux distincts:
"rechercher un document de synthèse", et "rechercher
un document 'pointu'"
Tous les sites que nous allons
utiliser sont présents sur la page "sites"
du site sftg paris-nord:
http://www.paris-nord-sftg.com/a.sites.fmc.php3
A. LA RECHERCHE DE DOCUMENTS DE SYNTHESE
Le plus simple, en général,
est de commencer par la recherche de documents de synthèse.
Ils contiennent en général une bonne partie de
l'information nécessaire, et sous une forme agréable
à utiliser.
Première démarche: aller sur le
site sftg paris-nord
A tout seigneur tout honneur:
visitons d'abord le site sftg paris-nord. Outre qu'il s'agit
du site de mon association de formation continue, ce qui lui
donne une tonalité particulière, c'est un site
bien conçu de médecine générale,
contenant à la fois de l'information pointue, et de l'information
synthétisée. Deux possibilités de recherche:
1.utiliser
le moteur
de recherche de sftg paris nord
on trouve ce moteur de recherche
sous le lien "rechercher"
du tableau jaune présent au début et à la
fin de toutes les pages du site. La recherche se fait en langage
naturel. Si vous composez "ostéoporose", vous
trouverez toutes les pages qui contiennent le mot "ostéoporose"
(il y en a 12 aujourdh'ui, le 7/7/2001), et si vous écrivez
"ostoporose homme", vous trouverez toutes les pages
qui contiennent à la fois les deux mots (deux documents).
Cette deuxième recherche n'est pas pertinente: les deux
documents proposés ne correspondent pas à votre
recherche. Par contre la première recherche vous donne
un document qui commence par "cr": cela indique qu'il
s'agit d'un compte-rendu de réunion. C'est probablement
un excellent document de synthèse: cr.ostoporose.sftg.paris.nord
. Vous y trouverez sans doute des réponses à certaines
des questions posées ("qu'est-ce que l'ostéoporose,
comment la diagnostiquer, etc..). L'inconvénient du système
"moteur de recherche sftg paris-nord" est que vous
ne trouverez vos documents que si les mots-clés que vous
utilisez y sont effectivement présents. Imaginez que vous
cherchez un document contenant "hypertension artérielle",
vous raterez probablement les documents qui ne contiennent à
sa place que le mot "HTA". Pour éviter cet inconvénient,
sftg paris-nord indexe ses documents à l'aide du MeSH.
Mais nous en reparlerons plus loin.
A noter qu'il arrive que le
moteur de recherche de SFTG Paris-Nord vous propose aussi des
documents pour la consultation (http://www.paris-nord-sftg.com/a.cat.doc.patients.php3).
Il n'y en a pas sur le thème de l'ostéoporose,
au jour où ces lignes sont écrites, mais une cinquantaine
de thèmes sont couverts, et très utiles à
distribuer aux patients (voir par exemple sur l'adénome
prostatique: http://www.paris-nord-sftg.com/patients.adenome.prostatique.0101.htm)
2. utiliser
la rubrique "classement
par spécialités"
Vous la trouverez aussi dans
le tableau jaune du début et de la fin de chaque page
du site. Vous cliquerez ensuite sur "rhumatologie".
Avantage: vous trouverez nécessairement sous cet onglet
TOUS les documents de rhumatologie du site sftg paris-nord. Inconvénient:
ils sont classés par date et non par sujet. Mais il est
assez facile de les survoler rapidement.
Deuxième démarche: cherche sur
"google"
Google (http://www.google.fr/)est
un moteur de recherche généraliste. Habituellement
ce type de moteur (voir yahoo, altavista) est inutilisable pour
le sujet qui nous occupe: les réponses obtenues sont trop
nombreuses et disparates. Mais Google a le don de vous proposer
des réponses pertinentes, surtout parmi les premiers choix
proposés. En effet les pages sont rangées dans
un ordre particulier, celui du nombre du liens qui pointent vers
un page donnée. Les pages les plus "populaires"
(et donc souvent les plus pertinentes) sont donc en premier.
Faites l'essai. Personnellement j'ai obtenu 8070 réponses
avec "ostéoporose homme" sur les sites francophones.
C'est beaucoup trop. Mais sur la première page des réponses,
j'ai trouvé trois pages qui me paraissent pertinentes,
comme documents de synthèse du problème: l'une
vient de la société de l'ostéoporose du
canada, http://www.osteoporosis.ca/FR_OSTEO/D01-01.html
, la seconde est sur caducée. net:
http://www.caducee.net/DossierSpecialises/rhumatologie/osteoporose.asp
, la troisième est sur le site de la faculté de
médecine de Saint Etienne: http://www.univ-st-etienne.fr/facmed/finit/mhlafag/p2lafage/fisiopat.htm
Troisième démarche: chercher un
consensus (http://www.paris-nord-sftg.com/a.sites.fmc.php3#ancre158706)
Nous avons assez bricolé,
il faut maintenant devenir un peu professionnels. A ce stade,
la recherche d'un consensus existant est souvent utile: les documents
de consensus sont en général de très bonne
qualité, il reposent sur une abondante bibliographie,
en général à jour au moment de la publication
du document. De plus ils sont souvent structurés pour
répondre à des questions pratiques de la pratique
médicale courante. vous trouverez une liste de sites de
consensus à: http://www.paris-nord-sftg.com/a.sites.fmc.php3#ancre158706
La recherche d'un consensus
francophone passe à mon avis par le site de la Bibliothèque
A.F. Lemanissier, qui tient en principe à jour
tous les consensus français, et un certain nombre de consensus
francophones. Allez sur: http://www.bmlweb.org/consensus.html
.Choisissez la spécialité de rhumatologie,
cliquez. Parcourez les références proposées.
Une seule concerne l'ostéoporose, c'est un document de
l'INSERM, http://dicdoc.kb.inserm.fr:2010/basisrapports/osteo.html.
Il apporte des informations sur la prévention et le traitement.
Une autre recherche de consensus
francophone peut être faite parmi les consensus canadiens,
en allant sur le site des guides de pratique clinique de l'infobanque AMC
: http://www.cma.ca/cpgs-f/index.asp.
En composant "ostéoporose" dans le moteur de
recherche de l'infobanque, j'ai obtenu 12 références,
toutes consacrées à l'ostéoporose post ménopausique:
cela ne correspond pas à notre question.
Passons maintenant aux consensus
anglophones, puisque nous sommes déçus des consensus
francophones. Je vous propose d'abord les abstracts des Cochranes
Reviews. Ces groupes de travail britanniques maintenant
très anciens proposent des documents de consensus de très
bonne qualité, dont malheureusement seuls certains abstracts
sont disponibles sur le net. Vous les trouverez à : http://www.cochrane.org/cochrane/revabstr/mainindex.htm.
Comme vous le voyez, il n'y a pas de moteur de recherche, il
faut parcourir les thèmes. Le thème "Cochrane
Musculoskeletal Group" paraît intéressant.
En cliquant sur ce lien, j'ai trouvé quatre références
intéressantes sur le traitement de l'ostéoporose,
par les biphosphonates (http://www.cochrane.org/cochrane/revabstr/ab001347.htm),
la calcitonine(http://www.cochrane.org/cochrane/revabstr/ab001983.htm),
le calcium vit D(http://www.cochrane.org/cochrane/revabstr/ab000952.htm)
et le fluor (http://www.cochrane.org/cochrane/revabstr/ab002825.htm).
Ces articles sont malheureusement un peu courts: ce sont des
abstracts.
Un autre bon site de consensus
américains est le NGC
National Guideline Clearinghouse™. Personnellement,
j'ai tenté aujourd'hui d'y aller pour la présente
recherche: dommage, le site ne marche pas. Vous aurez peut-être
plus de chance le jour où vous lirez ce document.
Quatrième démarche: chercher sur
les sites des facultés de médecine (http://www.paris-nord-sftg.com/a.sites.fmc.php3#ancre174528)
De nombreuses facultés
proposent leurs cours en ligne. Cela permet de trouver des documents
d'une qualité relativement bonne, qui n'ont bien sûr
pas le niveau de preuve d'une conférence de consensus,
mais permettent quand même de faire un point général
sur un sujet. Personnellement j'utilise certaines de celles qui
sont regroupées à: http://www.paris-nord-sftg.com/a.sites.fmc.php3#ancre174528.
En passant par exemple par
le corpus médical de la faculté
de médecine de Grenoble (http://www-sante.ujf-grenoble.fr/sante/),
j'ai trouvé dans le classement par disciplines, sous le
lien rhumatologie, l'article suivant: http://www-sante.ujf-grenoble.fr/sante/corpmed/Corpus/corpus/question/rhum097/rhum097.htm,
qui contient certaines réponses aux questions que nous
nous posions, en particulier en matière de bilan.
De même, sur le site
de l'université
de Lyon I (http://cri-cirs-wnts.univ-lyon1.fr/Polycopies/)
on trouve un autre excellent document, assez analogue: http://cri-cirs-wnts.univ-lyon1.fr/Polycopies/Rhumatologie/Rhumatologie-18.html
Cinquième démarche: chercher sur
les sites spécialisés (http://www.paris-nord-sftg.com/a.sites.par.spec.php3)
Il existe presque toujours,
lorsqu'on fait une recherche documentaire, des sites spécialisés
dans le domaine correspondant. Sur le site SFTG Paris-Nord, vous
trouverez des sites classés par spécialité
à: http://www.paris-nord-sftg.com/a.sites.par.spec.php3.
Mais la meilleure
banque de sites, à mon sens, est le CISMEF
du CHU de Rouen (http://www.chu-rouen.fr/cismef/).
En cherchant dans l'index alphabétique
du CISMEF, sous l'onglet "ostéoporose", on tombe
sur la page: http://www.chu-rouen.fr/ssf/pathol/osteoporose.html
, qui nous donne quelques adresses pertinentes, en particulier
une association de patients québecois, mine d'information
pour votre patient (http://www.osteoporose.qc.ca/).
Vous noterez que nous avons déjà visité
certains liens de cette page, signe que notre recherche a été
pertinente, avant même d'arriver sur le CISMEF.
Il existe d'autres banques
de sites médicaux. SFTG Paris-Nord vous en propose une
liste. A noter un site un peu fouillis, mais bien achalandé,
generique.net :
http://www.generique.net/pages/
Sixième démarche: chercher parmi
les maladies rares (http://www.paris-nord-sftg.com/a.sites.fmc.php3#ancre166084)
Imaginons maintenant que votre
patient présente en plus un problème ophtalmologique,
mettons une opacité cornéenne unilatérale.
Il vous dit que dans son enfance, on lui a parlé d'un
syndrôme rare dont il était atteint, le syndrôme
de WINCHESTER. Lorsque l'affection que l'on cherche est un peu
tordue, rare, un site s'impose: ORPHANET
(http://orphanet.infobiogen.fr/Site/Page.stm?Lng=FR&Lvl=Pro).
En tapant "WINCHESTER" dans le moteur de recherche
d'ORPHANET, vous saurez un certain nombre de choses sur la maladie:
au moins ses signes principaux, mais aussi le diagnostic biologique
(s'il existe), des bases de thérapeutique, les adresses
des sites de patients, etc... Une mine inépuisable et
indispensable. Vous découvrez au passage que l'ostéoporose
est un des éléments du syndrôme de Winchester,
et vous en concevez une satisfaction émue.
Si orphanet ne vous a pas suffi,
allez donc voir son grand frère anglophone: NORD
(http://www.rarediseases.org/)
Septième démarche: chercher dans
quelques revues francophones non indexées (http://www.paris-nord-sftg.com/a.sites.fmc.php3#ancre149794).
Vous avez forcément
quelques revues fétiches, que vous aimez particulièrement.
Peut-être ont elles publié un dossier sur le sujet
qui vous intéresse. Personnellement, j'aime beaucoup "Médecine
et Hygiène", dont la totalité du contenu est
en ligne, "Larevue du Praticien", et "La Revue
du Praticien-Médecine Générale", dont
seulement quelques articles sont en ligne. Aucune de ces deux
revues n'est indexée sur MEDLINE, il faut donc aller chercher
"à la main" dans leur contenu.
Vous trouverez
les adresses de certaines revues à http://www.paris-nord-sftg.com/a.sites.fmc.php3#ancre149794. Choisissons-y Médecine
et Hygiène.(http://www.medhyg.ch/). La revue nous propose,
dans sa zone "formation", un moteur
de recherche
(http://138.190.133.26/mh/formation/search.php3). J'y ai composé
"ostéoporose homme": aucun résultat.
Par contre la clé "ostéoporose" donne
26 résultats, dont un certain nombre d'articles passionnants.
Pour chercher
sur La Revue du Praticien-Médecine Générale,
il faut au préalable s'être inscrit sur le site,
dont l'accès est réservé aux membres du
corps médical. C'est gratuit. Faites-le sur 33docpro: http://www.33docpro.com/. Lorsque ce sera fait,
cliquez sur l'item "fonds
documentaire"
de la page d'accueil. Vous verrez que la recherche se fait par
initiale du mot-clé. En cherchant sous l'onglet "O"
comme "ostéoporose", vous trouverez un certain
nombre d'articles parus dans la revue du Praticien et la Revue
du Praticien Médecine Générale. L'un des
articles correspond étrangement à notre sujet,
puisque son titre est: "ostéoporose:
chez l'homme aussi".
Huitième démarche: chercher sur
une base de données francophone spécialisée.(http://www.paris-nord-sftg.com/a.sites.fmc.php3#ancre161191)
Certaines disciplines
se dont dotées de bases de données francophones
spécialisées (la santé publique, la toxicologie,
etc...). Peut-être que les passionés du sujet sur
lequel nous cherchons l'ont fait. Allons voir la liste de ces
bases de données sur:http://www.paris-nord-sftg.com/a.sites.fmc.php3#ancre161191. Manifestement la
liste proposée ne contient rien qui soit en rapport avec
l'ostéoporose. Dommage.
B. RECHERCHER DES DOCUMENTS "POINTUS"
Neuvième démarche: définir
les mot-clés d'une recherche plus poussée. Le MeSH
(http://www.paris-nord-sftg.com/a.sites.fmc.php3#ancre154296)
- Nous voici arrivés
à un stade assez avancé. Si nous voulons aller
plus loin, il nous faut maitenant chercher dans les moteurs anglophones
des grandes bases de données internationales. Jusqu'à
présent, nous ne nous sommes pas trop préoccupés
des mots-clés à utiliser. Nous avons considéré
que "ostéoporose" allait bien.
-
- Pour faire une recherche documentaire
de qualité, on ne peut pas se contenter de ce qu'on appelle
le langage naturel. Il faut être sûr que les mots
qu'on utilise pour une recherche sont bien ceux qui permettent
d'indexer les articles. Sinon, la recherche est invalide. Cet
argument vaut pour la recherche francophone, comme pour l'anglophone,
et nous aurions pu commencer cet article par ce paragraphe, cela
aurait été plus rigoureux.
-
- L'index général
des mot-clés de la recherche bibliographique en médecine
existe: il s'appelle le Medical Subjects Headings, ou MeSH. C'est
une langue hiérarchisée, assez logique et facile
à apprendre. Ce vaste index est originalement écrit
en anglais, mais il a été traduit en français.
-
- Le bon bibliographiste doit
prendre la peine de comprendre la logique du MeSH, mais cela
prend du temps. Un jour où vous aurez ce temps, allez
donc sur le site de l'URFIST, où vous trouverez un document
très clair, qui vous en explique toutes les arcanes: http://www.ccr.jussieu.fr/urfist/biolo/bioguide2/medline/medline.htm
-
- Aujourd'hui, vous n'avez pas
le temps de parcourir l'URFIST. Nous allons donc nous lancer
dans une recherche pragmatique. Supposons qu'au terme de la lecture
des articles trouvés ci-dessus, la seule question à
laquelle vous n'ayez pas répondu soit celle du traitement
de l'ostéoporose masculine, et plus précisément
de la place des biphosphonates dans ce traitement. Ce sont ces
mot-clés que nous allons chercher à définir.
-
- Le plus simple est de chercher
les mot-clés en français. Allons sur le site de
HON sélect,
http://www.hon.ch/HONselect/Search_f.html,
et composons "ostéoporose" sur le moteur de
recherche MeSH en français: tout va bien. "Osteoporose"
est un mot-clé MeSH (à condition de ne pas avoir
d'accent). C'est une Maladie. Une sous-catégorie de cette
maladie, dans la hiérarchie MeSH, est "osteoporose
post-ménopausique". Si, sur la page de résultats,
vous cliquez sur l'un de ces deux items, vous tomberez sur leur
définition, et en descendant dans la page (divine surprise)
sur une proposition de recherche bibliographique déjà
prête!! On trouve même des images sur le sujet...
Une vraie mine!!
-
- De la même façon,
cherchons "biphoshonates" sur HON
sélect: le résultat est que "biphosphonates"
n'est pas un terme MeSH. Si vous aviez composé ce terme
sur un autre moteur de termes MeSH, celui qui propose l'INSERM
par exemple (http://dicdoc.kb.inserm.fr:2010/basismesh/frm_mesh2000.html),
vous seriez bredouille, ayant seulement l'information que "biphosphonates"
n'est pas un terme MeSH... Mais HON
sélect fait plus que l'INSERM, il vous propose en
plus le BON mot-clé: c'est "diphosphonates".
De même, HON Sélect va vous en proposer la définition,
et une recherche bibliographique prémâchée...
-
- Le troisième item "homme"
pose plus de problème. Cherchez cet item sur HON
sélect, votre résultat sera décevant.
Vous pouvez aussi chercher "mâle", le résultat
n'est pas conforme à vos attentes. Pourquoi? Probablement
parce que "male" appartient à la catégorie
des "check tags" (ou descripteurs obligatoires) (dont
voici la liste complète en anglais:ANIMAL; CASE REPORT;
COMPARATIVE STUDY; ENGLISH ABSTRACT; FEMALE HUMAN ; IN VITRO
; MALE , PREGNANCY ; SUPPORT, NON-U.S. GOV'T ; SUPPORT, U.S.
GOV'T, NON-P.H.S.; SUPPORT, U.S. GOV'T, P.H.S. ). Les "check
tags" sont des descripteurs que chaque auteur doit OBLIGATOIREMENT
associer à son article, il n'a pas le choix. Où
sont identifiés les check tags sur HONsélect? Ma
foi, je n'en sais rien...
-
- Nous avons trouvé nos
mot-clés en français. Mais une recherche de bonne
qualité ne s'effectue, à dire vrai, qu'en anglais
(de toutes façons même les articles français
sont indexés en anglais sur les bases de données
internationales). Traduisons donc nos mots en anglais. Rien de
plus facile: retournons à la page de résultat de
recherche pour "ostéoporose": http://www.hon.ch/cgi-bin/HONselect_f?browse+C05.116.198.579:
nous notons que, dans le bandeau supérieur bleu de la
page, on trouve des petits drapeaux. Cliquons sur le drapeau
anglo américain: nous voici sur la page anglaise correspondante:
http://www.hon.ch/cgi-bin/HONselect?browse+C05.116.198.579.
Nous savons dès lors que le terme MeSH pour ostéoporose
est en anglais "osteoporosis". Faisons de même
pour "diphosphonates": le terme est identique en anglais.
-
- Dixième démarche: chercher dans
les grandes banques de données internationales (http://www.paris-nord-sftg.com/a.sites.fmc.php3#ancre151917)
- Nous voici équipés
des outils de notre recherche anglophones. Nous voulons connaître
les publications récentes sur "diphosphonates"
et "osteporosis" chez le "male".
-
- Où allons-nous chercher?
Cela dépend... de votre capacité à formuler
une recherche MeSH. Celle que vous formulez n'est pas si compliquée
que ça.
Il va nous falloir chercher sur PubMed (voir ci-dessous). Avant de lire les lignes qui suivent, vous pouvez utiliser
un outil de formation à la logique de PubMed. J'en connais deux, dont je vous recommande l'utilisation:
Allons donc maintenant sur le site-roi, celui
de PubMed:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed.
Comme vous le voyez, un bandeau vous propose d'effectuer la recherche.
Entrons donc dans ce bandeau les termes "osteoporosis"
et "diphosphonates" (sans guillemets, sans majuscule,
sans accent) séparés par un espace. Il nous faut
préciser que la recherche ne concerne que l'homme: cela
se fait en cliquant, juste en dessous du bandeau, sur l'item
"limits". Le moteur vous propose de préciser
les "limites" de votre recherche. Vous allez dans l'item
"gender" (sexe) et vous sélectionnez "male".
Résultat: 373 articles. C'est trop. Nous allons affiner
nos critères. Retournons sur la page des limites, et précisons:
-
- 1. cochons la case "only
items with abstracts" (les articles sans abstract ne nous
intéressent pas)
- 2. limitons la durée
aux articles les plus récents: cochons dans "publication
date": from "2001" to"2001". Nous n'aurons
que les articles les plus récents. Lançons la recherche:
PubMed propose (le 11 Juillet 2001) 34 articles: c'est humainement
exploitable.
-
- Voici la liste des "limits"
que vous pouvez utiliser
-
|
Fields |
Permet de limiter sa recherche à un champ d'indexation
particulier |
|
Publication types |
Permet de limiter sa recherche à un type de publication
particulier |
|
age |
Permet de limiter sa recherche à une tranche d'age spécifique |
|
entrez dates |
Permet de limiter sa recherche à une certaine antériorité
(de 30 jours à 10 ans) |
|
publication date |
Permet de limiter sa recherche à une date (soit celle
de publication de l'article, soit celle d'entrée de l'article
dans PubMed) |
|
from...to.... |
Permet de spécifier les valeurs des dates de la période
que l'utilisateur souhaite couvrir (soit celle de publication
de l'article, soit celle d'entrée de l'article dans PubMed
en fonction du choix précédent) |
|
only items with abstracts |
Permet de limiter sa recherche au références ayant
un abstract |
|
languages |
Permet de limiter sa recherche à un langage de publication |
|
human or animal |
Permet de limiter sa recherche à l'homme ou à l'animal |
|
subset |
Permet de limiter sa recherche à une partie de PubRef
(Medline ou PreMedline par exemple) |
|
gender |
Permet de limiter sa recherche au mâles ou aux femelles |
-
- Une remarque: en mettant un
espace entre "osteoporosis" et "diphosphonates",
vous avez implicitement demandé à PubMed
de chercher sur les deux termes à la fois: par défaut,
votre requête est devenue "osteoporosis AND diphosphonates".
Rien ne vous empêche, quand vous en avez besoin, d'utiliser
d'autres opérateurs booléens: par exemple "osteoporosis
OR diphosphonates", ou ""osteoporosis AND NOT
diphosphonates". PubMed
comprend tout cela.
-
- Une autre remarque: PubMed
n'a pas cherché spécifiquement les articles qui
contenaient vos deux mots comme IDENTIFIANTS MeSH. Il a aussi
cherché les articles qui contenaient ces deux mots dans
le titre, et dans l'abstract. Si vous aviez voulu restreindre
la recherche aux articles comportant ces deux mots comme identifiants
MeSH, il aurait fallu utiliser la syntaxe PubMed:(osteoporosis[MeSH
terms]) AND (diphosphonates[MeSH terms]). Avec les mêmes
limites que ci-dessus (male et 2001), on n'obtient plus que sept
articles, probablement plus adaptés. Le problème
est que vous ne connaissez pas la syntaxe pubmed. Il n'est pas
forcément nécessaire de l'apprendre. Voyons cela
à propos d'une autre requête.
-
- Imaginons par exemple que
vous souhaitiez les articles concernant l'ostéoporose
chez les cyclistes (vous êtes médecin du sport).
Vous cherchez "bicyclette" dans les termes MeSH sur
HON sélect,
et constatez que ça ne colle pas (on vous renvoie uniquement
la notion de bicyclette ergométrique). "Bicyclette"
et "cycliste" n'appartiennent résolument pas
au thésaurus MeSH: votre requête n'a pas été
prévue... Il vous faut donc chercher les articles qui
contiennent "osteoporosis" comme identifiant MeSH et,
quelque part, le mot "bicyclette" ou "cycliste",
dans le titre, ou dans l'abstract, ou dans le texte de l'article....
PubMed
peut faire cela, mais il faut connaître sa syntaxe. Par
exemple, vous pouvez composer: (osteoporosis[MeSH terms]) AND
((bicycle [Text word]) OR (cyclist [Text word])). J'ai personnellement
obtenu sept articles avec cette requête (sans imposer de
limites). Si vous voulez aller plus loin, il vous faut donc quelques
notions de syntaxe PubMed. Les voici:
-
- Il est possible de saisir
directement l'équation de recherche en utilisant les champs
d'indexation.
La syntaxe est : terme [champ] .
-
- Les abréviations des
champs peuvent être saisies indifféremment en minuscules
ou en majuscules.
-
- Les différents
champs:
- Affiliation [AD, AFFL]: adresse
et appartenance de l'auteur qui assure la correspondance (principalement
pour les demandes de tirés a part), origine des fonds
de recherche.
- All fields [ALL]: tag par
défaut: recherche tous les mots de la référence
(titre et résume). Cela est vrai uniquement quand le mapping
n'a pas trouvé de correspondance en utilisant les tables
de correspondances. Intérêt: retrouve les références
de Pre-medline. Pour éviter le mapping automatique (utilisation
dans l'équation de recherche du terme MeSH correspondant
et pas du terme saisi quand celui-ci existe), il faut saisir
le terme entre cote "et".
- Author name [AU, AUTH]: le
nombre d'auteurs indexé n'a pas été limité
de 1966 à 1983, limité à 10 auteurs de 1984
à 1995; puis limité à 25 de 1996 à
1999 et maintenant sans limitation. Format: nom jp: nom de l'auteur
espace initiales (1 ou 2). Si l'utilisateur ne mets pas les initiales,
o'brien [AU] retrouvera o'brien j, o'brien jp, o'brien jm….
De même, o'brien j [AU] retrouvera tous les o'brien quel
que soit leur prénom (troncature automatique). Pour retrouver
directement uniquement avec les bonnes initiales, il faut mettre
entre "et": "o'brien jp" [AU] (on peut également
se mettre en mode liste).
- EC/RN number [RN, ECNO]: Numéro
de l'enzyme déterminé par "the Enzyme Commission"
pour spécifier une enzyme ou le CAS number d'une substance
chimique.
- Entrez date [EDAT]: date d'entrée
de la référence dans PubMed. (différent
de [dp] date de publication). Format YYYY/MM/DD ou YYYY/MM ou
YYYY.
- Issue [IP, ISSUE]: numéro
(issue) du périodique
- Journal title [TA, JOUR],
[SO]: titre de la revue (abrégé ou complet). Voir
également le journal browser.
- Langage [LA, LANG]: langage
de parution. Il est possible de mettre le mot entier (exemple:
french) ou les 3 premières lettres (exemple:fre) avec
cependant une exception pour le japonais (JPN au lieu de JAP).
- MeSH Date [MHDA]: ce champ
d'existence récente, correpond à la date d'indexation
des références avec les termes MeSH. Format YYYY/MM/DD
ou YYYY/MM ou YYYY. Tant que la référence n'est
pas indexée, ce champ prend la valeur du champ Entrez
date (date d'entrée dans PubMed).
- MeSH Major Topics [MAJR]:
terme MeSH majeur. Explosion implicite. Pour ne pas exploser:
[MAJR:noexp]. L'utilisation de ce champ permet de pratiquer une
"pondération".
- MeSH Terms [MH, MESH]: Terme
MeSH. Explosion implicite. Pour ne pas exploser: [MH:noexp].
Impose la recherche du terme MeSH correspondant au terme que
l'on a rentré. En mode All, la recherche se fait avec
le terme qui n'est pas MeSH et son correspondant MeSH. En mode
MeSH, la recherche se fait uniquement avec l'équivalent
MeSH. Si l'utilisateur ne veut pas d'explosion: [mh:noexp] ou
[MAJR:noexp] qui évite la recherche des notions filles
plus spécifiques. Il faut noter que la recherche en utilisant
le champ [MESH] exclue les références présentes
dans PreMedline.
- Page number [PG, PAGE]: numéro
de la 1ere page de l'article.
- Personal Name as subject [PS]:
nom personnel comme sujet, retrouve un nom mais pas d'auteur,
mais plutôt quand un nom propre est le sujet de l'article.
Même format et contraintes que le champ [AU].
- Date of publication [DP, PDAT]:
(attention, différent de [EDAT]). Date de publication.
YYYY/MM/DD ou YYYY/MM ou YYYY. Il est recommandé de ne
chercher que par année car certains périodiques
ont une périodicité "bizarre" qui pourrait
faire rater des références en utilisant des dates
trop précise.
- Publication type [PT, PTYP]:
type de publication dont voici le détail:
- Addresses
- Bibliography
- Biography
- Classical Article [for republished
seminal articles]
- Clinical Conference [for reports
of clinical case conferences only]
- Clinical Trial [includes all
types and phases of clinical trials]
- Clinical Trial, Phase I
- Clinical Trial, Phase II
- Clinical Trial, Phase III
- Clinical Trial, Phase IV
- Congresses
- Controlled Clinical Trial
- Randomized Controlled Trial
- Comment [for comment on previously
published article]
- Consensus Development Conference
- Consensus Development Conference,
NIH
- Corrected and Republished
Article [consider Published Erratum]
- Dictionary
- Directory
- Duplicate Publication [duplication
of material published elsewhere]
- Editorial
- Festschrift [for commemorative
articles]
- Guideline [for administrative,
procedural guidelines in general]
- Historical Article [for articles
about past events]
- Interview
- Journal Article [excludes
Letter, Editorial, News, etc.]
- Lectures
- Legal Cases [includes law
review, legal case study]
- Letter [includes letters to
editor]
- Meeting Abstract
- Meta-Analysis [quantitative
summary combining results of independent studies]
- Multicenter Study
- News [for medical or scientific
news]
- Newsletter Article
- Overall [collection of articles;
consider Meeting Report]
- Periodical Index [for cumulated
indexes to journals]
- Practice Guideline [for specific
health care guidelines]
- Published Erratum [consider
Corrected and Republished Article]
- Retracted Publication [article
later retracted by author]
- Retraction of Publication
[author's statement of retraction]
- Review [includes all reviews;
consider specific types]
- Review, Academic [comprehensive,
critical, or analytical review]
- Review, Multicase [review
with epidemiological applications]
- Review of Reported Cases [review
of known cases of a disease]
- Review Literature [general
review article; consider other reviews]
- Review, Tutorial [broad review
for non-specialist or student]
- Scientific Integrity Review
[U.S. Office of Scientific Integrity reports]
- Technical Report
- Twin Study [for studies of
twins]
- Secondary source [SI]: permet
d'identifier les sources citées dans les références
de PubMed présentes dans les bases de données rattachées
à PubMed (base de données, numéro de séquence
par exemple).
- Subheadings [SH]: qualificatifs
et sous termes. Ils peuvent être utilisés seuls
ou bien avec un MeSH term: hypertension/therapy. Il est possible
également de combiner: hypertension [MH] AND toxicity
[SH]. Possibilité d'éviter l'explosion [SH:noexp]:
évite de chercher dans les notions plus spécifiques.
- Subset [SB]: Deux types de
"subset" qu'il est possible d'identifier: le statut
des références dans PubMed et des sous-disciplines.
La liste des subsets est la suivante: AIDS - aids [sb]; Bioethics
- bioethics [sb]; Complementary and Alternative Medicine - cam
[sb]; In process - in process [sb]; MEDLINE - medline [sb]; Publisher
- publisher [sb]; PubMed Central - medline pmc [sb]; Space Life
Sciences - space [sb]; Toxicology - tox [sb].
- Substance name [NM, SUBS]:
Nom de substances chimiques. (champ implémenté
en 1980), avant, ces substances étaient incluses dans
les termes MeSH).
- Text Word [TW, WORD]: mots
du titre, résumé, termes MeSH et qualificatifs,
noms de substances, nom personnel comme sujet.
- Title word [TI, TITL]: mots
et nombres du titre.
- Title/Abstract Words [TIAB]:
mots et nombres du titre et du résumé.
- Volume [VI, VOL]: volume du
périodique
- Medline Unique identifier
(UI): entrer le numéro sans utiliser de parenthèses,
même si vous saisissez plusieurs UI. Il suffit de laisser
un espace entre chaque numéro (ne pas utiliser de OR).
- PubMed ID (PMID): entrer le
numéro sans utiliser de parenthèses, même
si vous saisissez plusieurs UI. Il suffit de laisser un espace
entre chaque numéro (ne pas utiliser de OR).
-
- PubMed permet une recherche
de qualité dans MEDLINE. Mais MEDLINE n'est pas la seule
grande banque de données internationales. Vous pouvez
faire plus. Un site vous permet de chercher sur l'ensemble des
ressources de la National Library of Medicine (c'est à
dire dans MEDLINE/PubMed, OLDMEDLINE, LOCATORplus, AIDS Meetings,
Health Services Research Meetings, HSRProj, MEDLINEplus and DIRLINE).
Ce site, c'est GATEWAY
: http://gateway.nlm.nih.gov/gw/Cmd
. A vous de jouer. Comme vous le verrez le modèle de syntaxe
y est très proche de PubMed, et le lecteur émérite
que vous êtes devenu au terme de cet article devrait pouvoir
se débrouiller tout seul pour explorer GATEWAY. Bon courage!
-
 Nous adhérons aux principes de la charte HONcode. Vérifiez ici.
| |